1991 : Il entame des études de droit à l'Université du Burundi, située à Bujumbura.
1995 : À la suite de massacres d'étudiants perpétrés à l'Université du Burundi, il interrompt ses études universitaires et rejoint le maquis au sein de la rébellion du Conseil national pour la défense de la démocratie-Forces de défense de la démocratie (CNDD-FDD).
1995 : Il gravit les échelons du mouvement rebelle pendant la guerre civile, dirigeant ses activités militaires et les milices, ce qui lui vaut le surnom de "Neva".
2003 : À la suite des accords de paix, le CNDD-FDD renonce à la lutte armée. Il intègre le processus de transition politique et militaire.
2005 : Après la prise de pouvoir du CNDD-FDD par les urnes, il est nommé chef d'état-major adjoint des nouvelles Forces de défense nationale (FDN) avec le rang de général.
2006 : Il est nommé ministre de l'Intérieur et de la Sécurité publique le 17 mars sous la présidence de Pierre Nkurunziza.
2007 : Il quitte ses fonctions ministérielles le 14 novembre pour devenir par la suite chef du cabinet militaire du Président de la République.
2009 : Il prend la présidence du Comité national olympique du Burundi (un poste qu'il occupera pendant huit ans, jusqu'en 2017).
2014 : Il est nommé chef de cabinet civil du Président de la République. En parallèle de ses fonctions, il étudie et obtient un diplôme de la Wisdom University of Africa.
2016 : Il est élu Secrétaire général du parti au pouvoir, le CNDD-FDD, le 20 août, remplaçant Pascal Nyabenda. Il y adopte une posture jugée plus conciliante envers la communauté internationale.
2020 : Il est officiellement désigné le 26 janvier comme le candidat du parti CNDD-FDD pour l'élection présidentielle de la même année.
2020 : Le 20 mai, il remporte l'élection présidentielle au premier tour avec plus de 68 % des voix, lors d'un scrutin marqué par un fort taux de participation mais aussi des interrogations de l'opposition.
2020 : Le 8 juin, le président sortant Pierre Nkurunziza décède subitement (probablement des suites de la Covid-19).
2020 : La Cour constitutionnelle anticipe la passation de pouvoir. Évariste Ndayishimiye prête serment et est investi Président de la République du Burundi le 18 juin à Gitega.
2022 : Il est désigné par ses pairs africains comme « Champion de l'Agenda Jeunes, Paix et Sécurité » de l'Union africaine en reconnaissance de ses efforts pour l'inclusion de la jeunesse.
2023 : En mars, il multiplie les prises de parole pour encourager la diaspora et la jeunesse à s'impliquer dans le maintien de la paix et le développement économique du pays.
2024 : Il plaide publiquement pour l'ouverture économique du Burundi et encourage les investissements privés et étrangers, notamment pour développer le tourisme.
2024 : En août, Amnesty International et d'autres organisations publient un rapport dressant un bilan critique de ses quatre premières années de mandat, pointant une poursuite de la répression de l'espace civique.
2025 : Le 17 juillet, l'Union africaine le désigne comme envoyé spécial dans la région du Sahel.
2026 : Le 13 février, il s'entretient en marge du sommet de l'Union africaine à Addis-Abeba avec de hauts responsables, dont le Secrétaire général des Nations Unies, António Guterres, pour aborder la paix, la sécurité et l'intégration continentale.
2026 : Président de l'Union Africaine depuis le 14 février